എപ്പോഴും കോടമഞ്ഞിനാൽ ചുറ്റപ്പെട്ടു കിടക്കുന്നതിനാൽ കോടൈ കാണൽ എന്ന തമിഴ് വാക്കുകൾ ചേർന്നാണ് കൊടൈക്കനാൽ ഉണ്ടായത് എന്ന് ചിലർ വാദിക്കുന്നു എന്നാൽ കാടിന്റെ സമ്മാനം എന്നർത്ഥമുള്ള തമിഴ് പദങ്ങളിൽ നിന്നാണ് ഇത് രൂപപ്പെട്ടത് എന്നും വാദിക്കുന്നവർ ഉണ്ട്.
ക്രിസ്തുവിന് മുന്ന് 5000 വർഷം പഴക്കമുള്ള ശിലായുഗസംസ്കാരത്തിന്റെ അവശിഷ്ടങ്ങൾ പഴനിമലകളിലെ മറ്റു ഭാഗങ്ങൾ പോലെ കൊടൈക്കനാലും ലഭിച്ചിട്ടുണ്ട്. പർവ്വത വിഹാറിലും പന്നിക്കുണ്ട് ഗ്രാമത്തിലും പ്രാകൃത മനുഷ്യരുടെ വീടുകൾ എന്ന് സംശയം തോന്നിപ്പിക്കുന്ന തൊപ്പിക്കല്ലുകളും ശവസംസ്കാരത്തിനായി ഉപയോഗിക്കുന്ന മുനിയറകളും കാണപ്പെടുന്നു പിന്നീട് 2000 ത്തോളം വർഷങ്ങൾക്കു ശേഷം പാളയൻ എന്നും പുളിയൻ എന്നുമുള്ള രണ്ടു ആദിവാസി ഗോത്രങ്ങൾ പളനി മലകളിലേക്ക് കുടിയേറി. ഇവർ പീഡനങ്ങൾ ഭയന്ന് ഒളിച്ചോടി വന്നവരായിരിക്കണം എന്നാണ് ചരിത്രകാരന്മാർ വിശ്വസിക്കുന്നത്. ഇതിൽ പാളയന്മാർ കാട്ടുജാതിക്കാരാണ്. വേട്ടക്കാരായിരുന്ന ഇവർ ഇലകൊണ്ടും പുല്ലുകൊണ്ടുമുള്ള വസ്ത്രങ്ങൾ ആണ് ധരിച്ചിരുന്നത്. കൊടൈക്കനാലിനു 40 കി. മീ. അകലെയുള്ള കുക്കൽ എന്ന സ്ഥലത്തെ ഗുഹകളിൽ അവരുടെ ഗോത്രത്തിന്റെ തെളിവുകൾ കാണാം. പഴങ്ങൾ, തേൻ ചെറിയ വന്യ മൃഗങ്ങൾ എന്നിവയായിരുന്നു പ്രധാന ഭക്ഷണം, തീയുണ്ടാക്കാൻ കല്ലുകളും മറ്റൂം ഉപയോഗിച്ചിരുന്നു.